在胚胎第５周起。原肠管腔内上皮细胞过度增殖而将肠腔闭塞。出现暂时性的充实期。至第９～１１周。上皮细胞发生空化过程形成许多空泡。以后空泡相互融合即为腔化期。使肠腔再度贯通。至第１２周时形成正常的肠管。如空泡形成受阻。保留在充实期。或空泡未完全融合。肠管重新腔化发生障碍。即可形成肠闭锁或狭窄。此为十二指肠闭锁的主要病因（Ｔａｎｄｌｅｒ学说）。常伴发其他畸形。如先天愚型（３０％）。肠旋转不良（２０％）。环状胰腺。食管闭锁以及肛门直肠。心血管和泌尿系畸形等。多系统的畸形同时存在。提示与胚胎初期的全身发育缺陷有关。而非单纯的十二指肠局部发育不良所致。有人认为胚胎期肠管血液供应障碍。有缺血。坏死。吸收。修复异常。亦可形成十二指肠闭锁或狭窄。
　　病变多在十二指肠第二段。梗阻多数发生于壶腹部远端。少数在近端。常见的类型有：
　　（一）隔膜型肠管外形保持连续性。肠腔内有未穿破的隔膜。常为单一。亦可多处同时存在；或隔膜为一膜状的蹼。向梗阻部位的远端脱垂形成风袋状；或于隔膜中央有针尖样小孔。食物通过困难。壶腹部常位于隔膜的后内侧或近。远侧。
　　（二）盲段型肠管的连续中断。两盲端完全分离。或仅有纤维索带连接。肠系膜亦有楔形缺损。临床上此型少见。
　　（三）十二指肠狭窄肠腔粘膜有一环状增生。该处肠管无扩张的功能；也有表现为在壶腹部附近有一缩窄段。
　　梗阻近端的十二指肠和胃明显扩张。肌层肥厚。肠室间神经丛变性。蠕动功能差。肠闭锁时远端肠管萎瘪细小。肠壁菲薄。肠腔内无气体。肠狭窄时远端肠腔内有空气存在。