导致流产的原因很复杂。是多种的。早期流产较为常见的原因为染色体异常。内分泌异常。子宫发育不良或畸形。
　　一．染色体异常　染色体异常包括染色体数目异常。如单体。三体。多倍体；结构异常。如断裂。缺失。易位均可致流产。有人对自然流产和治疗性流产进行染色体的研究。发现在自然流产中核型异常者占６０％。核型异常者每伴有胎儿或胎盘等一种结构上的异常。而核型正常者流产的胎儿多正常。
　　二．内分泌失调　雌激素过多与孕酮不足亦为早期流产的原因。因在妊娠１２～１４周正处于胎盘形成代替妊娠黄体功能的时期。易有内分泌失调。尤以黄体功能不足。此外。甲状腺素缺少。使细胞的氧化过程遭受障碍。以及甲状腺机能亢进与糖尿病等皆易发生流产。
　　三．胎盘异常与胎盘内分泌不足　早期妊娠时的蜕膜炎可使底蜕膜出血或增生。绒毛上皮细胞及蜕膜细胞被溶解。绒毛内血管阻塞。影响营养物质的吸收与运送。以致孕卵从附着处分离。出血而流产。此外如胎盘内巨大梗塞可使胎盘功能降低。影响胎儿生存；而前置胎盘。胎盘绒毛水肿变性致成流产者亦不少见。妊娠后母血中β－ｈＣＧ。ｈＰＬ。Ｐ。Ｅ２。雌酮。早孕时如这些激素值下降。则５０％流产。
　　四．血型不合　由于以往妊娠或输血。致Ｒｈ因子。不合的ＡＢＯ血型因子在母体中产生抗体。此次妊娠由胎盘进入胎儿体内与红细胞凝集而产生溶血。以致流产。
　　五．精神神经因素　如惊吓。严重精神刺激等也都可致成流产。近年来通过研究认为。噪音与振动对人的生殖有一定影响。
　　六．母体全身性疾病
　　（一）严重的急性传染病和感染疾病：如大叶性肺炎。多伴发生高热导致子宫收缩。或／和胚胎死亡均可致流产。
　　（二）慢性疾病：严重贫血。心脏病。心力衰竭可引起胎儿缺氧。窒息而死亡；慢性肾炎。严重高血压可使胎盘发生梗死或早剥离而引起流产。
　　（三）营养不良或药物中毒：如维生素缺乏。特别是维生素Ｅ—生育醇的缺乏。汞。铅。酒精及吗啡等慢性中毒。均可引起流产。
　　七．生殖器官疾病　子宫畸形。如双角子宫。子宫腔纵隔。常为流产的原因。但子宫发育不良往往是不孕的原因。此外。如子宫肌瘤。尤其是向子宫腔内发展的粘膜下肌瘤或嵌顿在骨舅腔中的卵巢囊瘤。均可影响胎儿的发育而导致流产。子宫内口松弛为习惯性流产常见原因之一。近年来发现宫腔粘连患者中。约１４％发生在流产后。粘连引起宫腔缩小。变形和子宫内膜面积减少。且有硬化。影响胚胎发育。
　　八．免疫因素　对原因不明者。近年来研究发现多数与免疫因素密切相关。
　　（一）组织相容抗原（ｈｉｓｔｏｃｏｍｐａｔｉｂｉｌｉｔｙｌｏｃｕｓａｎｔｉｇｅｎ。ＨＬＡ）：ＨＬＡ复合体定位于人的第六对染色体短臂的一个区段上。至少包括４个与移植有关的基因位点：ＨＬＡ－Ａ。Ｂ。Ｃ。Ｄ／ＤＲ等。正常妊娠时夫妇ＨＬＡ不相容。可维持遗传的多样性。防止致死纯合子的产生。而习惯性流产夫妇间ＨＬＡ抗原相容的频率大于正常妊娠者。其中以ＤＲ抗原相同的机会更多。过多的共有抗原。阻止母体对妊娠作为异体抗原的辨认。不能刺激母体产生维持妊娠所需的抗体。缺乏抗体的调节作用。母体免疫系统易对胎儿产生免疫学攻击。而导致流产。
　　（二）抗磷脂抗体：为一组自身免疫性抗体。其中包括狼疮抗凝抗体（ＬＡ）及抗心磷脂抗体（ａｃｌ）。近年来研究发现。在自身免疫性疾病。某些感染。药物。或不明原因的疾患中。如抗磷脂抗体阳性。习惯性流产发生率极高。患者常有动静脉血栓形成。血小板减少。考虑致流产的原因是由于血栓形成。引起蜕膜或胎盘功能不足。抗磷脂抗体不是作用于妊娠早期导致流产。而是作用于妊娠中。晚期使胎儿死亡。抗磷脂抗体可能是中晚期流产的因素。
　　（三）抗精子抗体：在反复自然流产（ｒｅｃｕｒｅｎｔｓｐｏｎｔａｎｅｏｕｓａｂｏｒｔｉｏｎ。ＲＳＡ）夫妇中。研究发现双方或男方血清中的抗精子抗体。动物实验证明抗精子抗体有杀死胚胎的作用。提示该抗体的存在与ＲＳＡ有关。国内亦有报道女方抗精子抗体阳性多见。说明女方对精子的同种异体免疫及丈夫的自身免疫均与ＲＳＡ有关。
　　抗精子抗体引起的流产。多发生在３个月以内的早期流产。即母体内精子凝集抗体持续作用于早期胚胎组织致病变。使胚胎受损而流产。