（一）内科治疗
　　１．抗阿米巴治疗选用组织内杀阿米巴药为主。辅以肠内杀阿米巴药以根治（见“阿米巴肠病”）。目前大多首选甲硝唑。剂量１．２ｇ／天。疗程１０～３０天。治愈率９０％以上。无并发症者服药后７２小时内肝痛。发热等临床情况明显改善。体温于６～９天内消退。肝肿大。压痛。白细胞增多等在治疗后２周左右恢复。脓腔吸收则迟至４个月左右。第二代硝基咪唑类药物的抗虫活力。药代动力学特点与甲硝唑相同。但半衰期长得脓肿疗效优于阿米巴肠病。东南亚地区采用短程（１～３天）治疗。并可取代甲湖唑。少数单硝唑疗效不佳者可换用氯喹或依米丁。但应注意前者有较高的复发率。后者有较多心血管和胃肠道反应。治疗后期常规加用一疗程肠内抗阿米巴药。以根除复方之可能。
　　２．肝穿刺引流早期选用有效药物治疗。不少肝脓肿已无穿刺的必要。对恰当的药物治疗５～７天。临床情况无明显改善。或肝局部隆起显著。压痛明显。有穿破危险者采用穿刺引流。穿刺最好于抗阿米巴药物治疗２～４天后进行。穿刺部位多选右前腋线第８或第９肋间。或右中腑线上第九或十肋间或肝区隆起。压痛最明显处。最好在超声波探查定位下进行。穿刺次数视病情需要而寂静。每次穿刺应尽量将脓液抽净。脓液量在２００ｍｌ以上者常需在３～５天后重复抽吸。脓腔大者经抽吸可加速康复。近年出现的介入性治疗。经导针引导作持续闭合引流。可免去反复穿刺。继发性感染之缺点。有条件者采用。
　　３．抗生素治疗有混合感染时。视细菌种类选用适当的抗生素全身应用。
　　（二）外科治疗紧锣密鼓肝脓肿需手术引流者一般＜５％。其适应证为①抗阿米巴药物治疗及穿刺引流失败者；②脓肿位置特殊。贴近肝门。大血管或位置过深（＞８ｃｍ）。穿刺易伤及邻近器官者；③脓肿穿破入腹腔或邻近内脏而引流不畅者；④脓肿中有继发细菌感染。药物治疗不能控制者；⑤多发性脓肿。使穿刺引流困难或失败者；⑥左叶肝脓肿易向心包穿破。穿刺易污染腹腔。也应考虑手术。
　　肝脓肿的治愈标准尚不一致。一般以症状及体征消失为临床治愈。肝脓肿的充盈缺损大多在６个月内完全吸收。而１０％可持续导演至一年。少数病灶较大者可残留肝囊肿。血沉也可作为参考指标。