本病需与下列几个疾病进行鉴别诊断：

　　（1）胸膜间皮瘤

　　因早期表现及X线检查结果有相似之处，故可能误诊为结核性脓胸，误诊的原因有以下几点：①具有典型的结核中毒症状，抗结核治疗曾有效，②患侧胸廓萎陷，肋间隙变窄，③肺CT未见胸膜凹凸不平，④胸腔内为黄色渗液，⑤无明显消瘦及痰中带血，具有下述几种情况应想到有胸膜间皮瘤可能：a.持续较重胸痛；b.难以控制的胸水，特别是血性胸水；c.胸腔积液经抗结核，抗炎治疗无明显好转；d.胸膜增厚且凹凸不平，必要时做CT及病理检查以协助诊断，减少误诊。

　　（2）肺囊肿

　　是一种先天性发育异常形成的肺实质囊性病变，分为液囊肿，气囊肿和液气囊肿，囊肿较小时可无症状或症状轻微，若巨大液性囊肿有时尚难与脓胸等鉴别，结核性脓胸是一种特殊菌感染，其临床表现不象化脓性感染症状明显，因此易延误诊断，误诊原因可能有以下几点：（1）对于年老患者，就医前又无肺结核，结核性胸膜炎及急性结核性脓胸的临床症状的；（2）MRI显示病变肺囊肿表现相似（3）近年来随着抗结核药物治疗学的进步及结核菌株变异，部分结核病的临床表现已不典型，临床上重视不够，故两者需进行鉴别诊断。

　　（3）恶性胸腔积液

　　老年结核性脓胸和肺癌胸膜转移的临床表现缺乏特异性，两者均可有发热，胸闷气急，咳嗽，胸液呈渗出液，由于老年人肺脏及胸膜老化，壁层胸膜对胸液的重吸收缓慢，部分患者就诊于非专科医院，造成病情迁延不愈而误诊为恶性胸腔积液，为避免对老年结核性脓胸的误诊，必须提高对本病的认识和警惕，临床上凡遇发热，长期不明原因胸腔积液而又诊断不明，胸液性质为渗出液，常见抗结核及胸穿抽液困难的患者，均应考虑本病，及时进行电视胸腔镜检查或手术探查。