（一）一般治疗：急性期必须卧床休息。必要时给予输液。根据病情给予流质或半流质饮食。慢性患者应加强营养。以增强体质。
　　（二）病原治疗：
　　１　甲硝咪唑或称灭滴灵（ｍｅｔｒｏｎｉｄａｚｏｌｅ）：对阿米巴滋养体有较强的杀灭作用且较安全。适用于肠内肠外各型的阿米巴病。为目前抗阿米巴病的首选药物。剂量为４００～８００ｍｇ。口服。１日３次连服５～１０日；儿童为每日每公斤体重５０ｍｇ。分３次服。连续７日。服药期偶有恶心。腹痛。头昏。心慌。不需特殊处理。妊娠３个月以内及哺乳妇忌用。疗效达１００％。
　　２　甲硝磺酰咪唑（ｔｉｎｉｄａｚｏｌｅ）：是硝基咪唑类化合物的衍生物。剂量为１日２ｇ；儿童为每日每公斤体重５０ｍｇ。清晨１次服。连服３～５日。偶有纳差。腹部不适。便秘。腹泻。恶心。瘙痒等。疗效与灭滴相似或更佳。
　　３　吐根碱：对组织内滋养体有有高的杀灭作用。但对肠腔内阿米巴无效。本药控制急性症状极有效。但根治率低。需要与卤化喹啉类药物等合量用药。剂量按每日每公斤１ｍｇ计。成人每日不超过６０ｍｇ。一般每次３０ｍｇ。１日２次。深部皮下或肌肉注射。连用６日。
　　本药毒性较大。治疗过程中应卧床休息。每次注射前应测血压及脉搏。注意心律及血压下降。毒性反应有呕吐。腹泻。腹绞痛。无力。肌痛。心动过速。低血压。心前压痛。心电图异常。偶有心律失常。幼儿。孕妇。有心血管及肾脏病者禁用。如需重复治疗。至少隔６周。
　　４　卤化喹啉类：主要作用于肠腔内而不是组织内阿米巴滋养体。对轻型。排包囊者有效。对重型或慢性患者常与吐根碱或灭滴灵联合应用。碘仿溶液１００～１５０ｍｌ作保留灌肠。主要副作用为腹泻。偶有恶心。呕吐和腹部不适。对碘过敏和有甲状腺病者忌用。
　　５　其他：安特酰胺。口服。０．５ｇ。１日３次。连续１０日；巴龙霉素。每日每公斤体重１５～２０ｍｇ。分次口服。５～７日；安痢平。口服。０．１ｇ。１日３次。连服１０日。以上３药都作用于肠腔内阿米巴。
　　６　中草药：鸦胆子。取仁１５～２０粒。装胶囊内口服。１日３次。连续７日；大蒜。１日６ｇ。分次生吃。连续１０日；白头翁。１５～２０ｇ制成煎剂。分３次服。连续１０日。
　　以上各种药物除灭滴灵外。往往需要２种或２种以上药物的联合应用。方能获得较好效果。
　　（三）并发症的治疗：在积极有效的灭滴灵工吐根碱治疗下。一切肠道并发症可得到缓解。暴发型患者有细菌混合感染。应加用抗生素。大量肠出血可输血。肠穿孔。腹膜炎等必须手术治疗者。应在灭滴灵和抗生素治疗下进行。
　　肠阿米巴病若及时治疗预后良好。如并发肠出血。肠穿孔和弥漫性腹膜炎以及有肝。肺。脑部转移性脓肿者。则预后较差。治疗后粪检原虫应持续半年左右。以便及早发现可能的复发。